電子帳簿保存法のスキャナ保存と電子取引はまとめて一か所で保存してもOK？

電子帳簿保存法においては、電子帳簿、自社作成の書類保存、スキャナ保存、電子取引の４つの区分に分かれており、それぞれの区分で法律の取り決めがいくぶん異なっています。

たとえば、電子帳簿やスキャナ保存においては、従来通り紙で保存することもOKで、電子保存は任意ですが、電子取引においては電子保存が必須になるといった点などがあげられます。

スキャナ保存と電子取引においては、同じ帳票の種類においても、取引先によっては書類の受け渡し方法が異なるケースはよくあります。

A社はEDIで取引を行っているので、注文書や請求書はシステム上で管理しているけど、B社は紙の注文書や請求書を郵送でやりとりしているような例です。

B社の書類はスキャナ保存でデータとして電子保存で運用していても、A社は別のシステムで電子保存しているので、ばらばらに管理することになります。
ばらばらに管理すること自体は、電子帳簿保存法においても問題はないのですが、スリムな運用として一元管理したいなという思いは誰しも抱くもの。

このようなケースで、スキャナ保存と電子取引の各電子保存を一つのシステムでまとめて運用することは問題ないのでしょうか？

これに対し、国税庁のHPにて「電子帳簿保存法Q&A（一問一答）」の中で、次のような記述があります。

問28 当社はスキャナ保存制度を利用しており、スキャニングした画像データを管理するための文書管理システムで保有しております。今回、電子取引により受領したＰＤＦデータについても、この文書管理システムで管理することを検討していますが問題ありますでしょうか。

【回答】
電子取引により授受されたデータの保存に当たって、訂正削除履歴や検索などの機能要件を満たすのであれば、スキャナ保存と同じ文書管理システムで、電子取引のデータを保存しても問題はありません。

【解説】
電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存に当たっては、真実性や可視性を確保するための要件を満たす必要があります（【問 11】参照）が、例えばスキャナ保存の要件を備えた文書管理ソフトが電子取引の保存要件も満たしている場合には、当該文書管理ソフトを利用して、電子取引により授受されたデータを保存することも可能であると考えられます。

ということで、一つのシステムでまとめて管理しても、問題ないということでした。

むしろ、管理の効率化や税務調査をスムーズに進めるうえでも、まとめて管理できる文書管理システムを導入することを推奨したいというぐらいのものですね。

2021/11/22追記
国税庁のWEBサイトにおいては、電子帳簿保存法に関する説明は、スキャナ保存と、電子取引で別々に案内されているので少しわかりにくい部分がありますので説明を補足いたします。

スキャナ保存と電子取引では、若干要件が異なります。一見すると同じように見えて勘違いしてしまいそうな部分があり注意が必要です。

スキャナ保存においては、今回の改正でタイムスタンプ要件が緩和されました。削除できないまたは削除・訂正履歴があるシステムであれば、時刻証明機能があるクラウドサービスならばタイムスタンプを付与しなくとも大丈夫となりました。ただしこれは、オンプレは対象外となり、オンプレでスキャナ保存を運用する場合においてはタイムスタンプの付与は必須です。

一方、電子取引においては、次の４つの方法のいずれを選択することが必須となっております。
①送付者がタイムスタンプを付与する
②受領者がタイムスタンプを付与する
③削除できない、削除・訂正履歴のあるシステムを利用
④事務処理規程を定める

ここで③の削除できない、削除・訂正履歴のあるシステムについては、取引を行う一つのシステム内で保存まで完結することが前提となっております。
取引を行ったシステム内で発行された請求書や領収書等をダウンロードして、別の文書管理システムへ保存・管理する場合は削除できない、削除・訂正履歴のあるシステムとして認められません。
一度、人の手を介して保存される場合は、タイムスタンプの付与、または事務処理規程が必要となります。

受領から保存までの期間においても、スキャナ保存に関しては、一律で２か月と７営業日に今回の改正で変更されましたが、電子取引においてはタイムスタンプ付与の場合は原則はすみやかに（概ね１週間以内）保存となっており、事務処理規程で定めれば２か月と７営業日まで延長することができるようになっています。

両方を一つのシステムで一元管理する場合は、このようなスキャナ保存と電子取引の要件の違いに注意して検討を進めるようにすることをお勧めいたします。